Åskan dundrar när en flicka föds på gården Ransta 1577. Samtidigt knackar en okänd man på dörren. ”Mitt namn är Eskil, jag kommer från Stockholm och har viktiga saker att förtälja.” Med sig har han en ring som han menar är den nyföddas arvsrätt.
Tiderna är oroliga, Gustav Vasas ättlingar strider om makten och familjer splittras. På hertig Karls kungsgård Räfsnäs växer tvillingarna Nils och Ragna upp, men deras vägar skiljs åt. Nils får en plats vid Gustav II Adolfs nya gymnasium i Strängnäs, medan Ragna förväntas stanna hemma. Nils kämpar med undervisningen och känner sig halv utan sin syster. Till sist kommer hon till hans undsättning, vilket får oanade konsekvenser.
Sofie Axelzons Borgens barn är den trettonde delen i den kritikerrosade romanserien Släkten, där Sveriges historia skildras ur kvinnornas perspektiv.